Backofen auf 200 °C Umluft vorheizen.
Zunächst die Spaghetti bissfest kochen. Am Ende der Garzeit das Wasser abgießen und die Nudeln zum Abkühlen beiseite stellen.
In der Zwischenzeit die Zwiebel fein hacken. Öl in einer Pfanne erhitzen und die Zwiebel darin kurz anschwitzen. Gehackte Tomaten hinzufügen und kräftig mit Kräutern würzen. Rund 10 Minuten köcheln lassen, damit die Sauce eindickt.
Knapp die Hälfte der entstandenen Tomatensauce auf dem Boden der einzelnen Mulden einer Muffin-Ofenform verteilen. Den anderen Teil der Sauce mit den gekochten Nudeln und den beiden Eiern vermengen.
Nun mit einer Gabel und einem Löffel die Pasta jeweils zu kleinen Nestern aufrollen und in die einzelnen Mulden der Muffin-Ofenform geben. Die Mozzarella-Bällchen in die Mitte der Spaghetti-Nester drücken. Die Spaghetti-Nester mit frischem Parmesan bestreuen und etwa 20 Minuten im Ofen backen bis der Mozzarella leicht gebräunt und geschmolzen ist.
Spaghetti-Nester mit einem Esslöffel aus der Form auf den Teller geben, mit Basilikum garnieren und fertig. Wenn ihr mögt könnt ihr auch noch frische Tomaten aufschneiden und als Topping verwenden sowie ein paar Mozzarella-Kugeln aus dem Kühlschrank.